29 сентября 1935 года епископа Аркадия арестовали, приговорив к пяти годам лишения свободы с ссылкой в Сибирь. 22 октября 1935 года был уволен на покой. В 1937 году его арестовали в лагере по обвинению в принадлежности к контрреволюционной группе, которая, якобы, проводила антисоветскую агитацию среди заключенных, и состоявшей из епископов и священников. Епископ не признал себя виновным. Тройка УНКВД по Кемеровской области вынесла постановление о его расстреле 28 октября 1937 года. Епископ был расстрелян 3 ноября 1937 года недалеко от Кемерова. Место его захоронения неизвестно.