В 1909 году, будучи студентом третьего курса, был отправлен академией в Астраханскую губернию для изучения калмыцкого языка и подготовки к миссионерской работе среди калмыков. Во время обучения в академии Амфилохий успешно занимался научной деятельностью, проявив свои выдающиеся способности. Он основательно изучил калмыцкий язык и изучил всю доступную литературу, относящуюся к переводам священных и богослужебных текстов на этот язык.